Zwischen 2002 und 2007 wurden mehrere Sonderausstellungen im Varusschlacht-Museum gezeigt. Mangels geeigneter Räumlichkeiten fanden diese anfangs im Park, im Foyer und im Turm statt – immer ein bisschen improvisiert, doch dafür ungewöhnlich und originell. Das fand auch der Art Directors Club, der unsere Sonderausstellung zu Theodor Mommsen im Jahr 2003 mit einer Auszeichnung ehrte.
Seit 2009 gibt es nun das Besucherzentrum. Seitdem werden die Sonderausstellungen auf 450 Quadratmetern im Obergeschoss gezeigt. Den Anfang machte im Jahr 2009 »Konflikt« – eine Ausstellung über Kriege und Konflikte in der germanischen Welt und deren Folgen.